در یک تقسیم بندی می توان بیماری های غیر ژنتیکی را به دو دسته میکروبیالوغیر میکروبیالتقسیم کرد .
میکروبیال
این دسته از بیماری ها در اثر ورود عوامل میکروبی همچون ویروس ها ، باکتری ها ، قارچ ها و انگلها در بدن انسان ایجاد می شوند. شکل گیری بیماری عفونی در یک فرد مستلزم واکنش های پیچیده ای است که بین میکروب و میزبان برقرار می گردد. رخدادهای کلیدی که طی عفونت اتفاق می افتند عبارتند از: ورود میکروب، تهاجم و تجمع در بافت های میزبان، فرار از چنگال ایمنی میزبان، آسیب بافتی یا اختلال در عملکرد بافت. برخی از میکروب ها بدون این که در بافت های میزبان تکثیر قابل ملاحظه ای پیدا کنند با آزاد ساختن سم، یا کشتن سلول های میزبان بیماری ایجاد می کنند. در بعضی عفونت ها، پاسخ های میزبان ، مقصر بوده و مهم ترین علت آسیب بافتی و بیماری را تشکیل می دهند. پنج نوع میکروارگانیسم پاتوژن (بیماری زا) وجود دارد که عبارتند از: باکتری های برون سلولی و درون سلولی، قارچ ها، تک یاخته ای ها، ویروس ها و انگل های پرسلولی.
مثال :هپاتیت D، انسفالوپاتی لایم ، HTLV
غیر میکروبیال
بیماری های غیر میکروبیال اساسا توسط یک عفونت حاد ایجاد نمی شوند بلکه توسط عواملی همچون توکسین ها ، عوامل شیمیایی آسیب رسان ، تشعشعات ، عوامل تغذیه ای ، دارویی ، سوء مصرف مواد ، عوامل هورمونی ، بیماری های نادر چند عاملی ، بیماری های نادر با علت ناشناخته و بیماری های خود ایمنی ایجاد می شوند .
مثال : اختلالات مادر زادی ناشی از مصرف داروهای تراتوژن ، کمبود اسید فولیک در دوران بارداری
